Première phase : L'échantillon de l'EMCD est formé de 10 000 groupes d'établissements (grappes) classés dans le secteur du commerce de détail et sélectionnés à partir du Registre des entreprises de Statistique Canada. Par définition, une grappe d'établissements comprend tous les établissements appartenant à une entreprise statistique qui font partie d'un même groupe industriel et d'une même région géographique. L'EMCD est fondée sur un plan d'échantillonnage stratifié avec sélection d'un échantillon aléatoire simple dans chaque strate. La stratification est faite selon des groupes d’échantillonnage utilisant les catégories à trois, quatre ou cinq chiffres du SCIAN, selon le sous-secteur, et selon la région géographique, c'est-à-dire selon la province ou le territoire. Ensuite, la population est stratifiée selon la taille de l'établissement. La mesure de taille est créée en combinant des données provenant d'enquêtes indépendantes et trois variables administratives, à savoir le RBE, les ventes assujetties à la TPS et le revenu T2 (provenant de la déclaration de revenus des sociétés).
Les strates de taille comptent une strate à tirage complet (recensement), au plus deux strates à tirage partiel (échantillonnées partiellement) et une strate à tirage nul (non échantillonnée). La strate à tirage nul est destinée à réduire le fardeau de réponse en excluant les entreprises les plus petites de la population observée. Ces entreprises représentent, en principe, au plus 10 % du total des ventes. Au lieu d'envoyer un questionnaire à ces entreprises, on produit les estimations d'après des données administratives.
L'échantillon est réparti de façon optimale afin d'atteindre les coefficients de variation cibles au niveau du Canada dans son ensemble, de la province ou du territoire, de l'industrie et du groupe d’échantillonnage selon la province ou le territoire. On procède aussi à un suréchantillonnage pour tenir compte des unités disparues, non-répondantes ou classées incorrectement.
l'EMCD est une enquête répétée avec maximisation du chevauchement des échantillons mensuels. On retient l'échantillon d’un mois à l‘autre et, chaque mois, on y ajoute les nouvelles unités et on supprime les unités disparues. Pour découvrir les nouvelles unités visées par l'EMCD, c'est-à-dire les nouvelles grappes d'établissement(s), on examine chaque mois l'univers le plus récent du RE. On stratifie ces nouvelles unités conformément aux mêmes critères que ceux appliqués à la population initiale, puis on les échantillonne conformément à la fraction d'échantillonnage de la strate à laquelle elles appartiennent et on les ajoute à l'échantillon mensuel. Des disparitions d'entité surviennent également chaque mois. Une entité disparue peut être une grappe d'établissements qui ont arrêté leurs activités (fermeture) ou dont les activités principales ne se rattachent plus au commerce de détail (hors du champ). La situation de ces entreprises est mise à jour dans le RE d'après des renseignements de source administrative et les commentaires reçus lors des enquêtes, y compris ceux des entreprises prenant part à l'EMCD. Les méthodes suivies pour traiter les unités disparues et les unités classées incorrectement font partie des procédures d'échantillonnage et de mise à jour de la population.
Deuxième phase : La base de sondage d’où est tiré l’échantillon de l’ETMVD est l’ensemble des grappes d’établissements de l’échantillon de l'EMCD. Comme dans la première phase, l’unité d’échantillonnage est la grappe d’établissements statistiques. Aucune restratification de l’échantillon de l'EMCD est effectuée. Les strates à tirage complet (recensement) dans l'EMCD sont également des strates à tirage complet dans l’ETMVD. À l’intérieur de chaque strate à tirage partiel (échantillonnées partiellement) de l'EMCD, un échantillon des grappes échantillonnées dans l'EMCD est tiré pour faire partie de l’ETMVD. L’échantillon de l’ETMVD est déterminé à l’aide d’une allocation multidimensionnelle utilisant l’algorithme de Bethel pour les neuf grands groupes de marchandises. L’échantillon de l’ETMVD se compose d’environ 8 000 grappes d’établissements. Comme dans le cas de l'EMCD, l’échantillon est mis à jour chaque mois pour tenir compte des changements dans la population.